山东工商学院审计处前身为审计科(1989年成立)，1990年至2003年审计科与纪委、行政监察处合署办公，2003年3月成立审计处，是学校独立设置的内部审计机构，设有工程审计科和财务审计科两个职能科室，负责学校内部审计工作。2020年9月，学校成立中共山东工商学院委员会审计委员会，审计委员会办公室设在审计处。

审计处在学校主要领导和党委审计委员会的领导下开展工作，贯彻落实党和国家对审计工作的部署要求，对学校及所属单位的财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进学校完善治理、实现目标。